PyMeta
中医药临床证据自动分析及可视化平台


简介 | 页面布局 | PICO检索 | 文字表格结果 | 图形结果 | RCT列表筛选



简介

中医药临床证据自动分析及可视化平台(Ver 1.01)是一套基于自动系统评价技术(automatic systematic review)的实时循证决策支持系统。该平台采用B/S框架,服务端包括元证据库(meta-evidence database)和自动meta分析(auto-meta analysis)等模块,前端包括PICO智能检索、图文结果呈现和RCT展示筛选等模块。中医药临床证据自动分析及可视化平台实现了 “提问-结果”的实时循证决策支持模式,即针对临床问题可以实时给出系统评价结果,较好地解决了制作传统系统评价低时效性的问题,增强了循证决策的科学性和实用性。中医药临床证据自动分析及可视化平台基于PythonMeta软件包实现自动meta分析的核心算法,具有较高的计算效率和优秀的可扩展性,适合科研及生产环境部署使用。

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页面布局

中医药临床证据自动分析及可视化平台前端布局包括页头(标题和菜单)、检索区、结果区(表格文本、图形、RCT筛选及显示)和页尾几部分,其中检索和结果为主要功能区。
1、检索区
检索区包括4个检索内容输入框:临床问题(P) 、干预措施(I) 、对照措施(C)、结局指标(O);每个检索框下有对应的辅助输入区,可以辅助限定检索条件或快速选择关键词;“智能检索”按钮可以执行检索。
2、结果区
结果区按左右布局,左侧是检索状态和结果的文字及表格显示区域,初始状态显示检索的简单说明,有检索结果时,显示结果的文字摘要,并以“疾病-结局-干预对照”的模式显示证据细节;右侧上部是图形结果显示区,可以根据用户需要显示证据合成过程和结果的图像,如网状关系图、证据映射图和森林图等;右侧下部是纳入RCT的显示/筛选区,以列表形式展示全部纳入的临床试验,并可查看试验细节和全文。

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PICO检索

中医药临床证据自动分析及可视化平台支持PICO检索,即根据临床问题(P)、干预措施(I)、对照措施(C)、结局指标(O)中的一个或多个因素进行查找,符合循证检索规律,有较好的实际使用效果。
1、临床问题(P)
必填,中医病名、症状、证型,或西医病名、症状等,如:“慢性 胃炎”、“脾虚”。可以指定病名检索范围为“中医病名”或“西医病名”,默认不限。
2、干预措施(I)
待观察的药物或疗法,如:“半夏泻心汤”、“针刺”等。相同干预及对照的试验将合并在同一亚组,可以选中“宽泛”或“严格”的合并方式,前者将忽略剂型、给药方式等差异,后者则只合并干预及对照完全相同的试验。
3、对照措施(C)
作为对比的药物或疗法,如西药或常规疗法。可以限定拟纳入试验的对照类型,如“安慰剂对照”或“加载试验”等,默认为不限。
4、结局指标(O)
试验的观察结果,如“证候积分”、“临床无效人数”等。结局类型默认“终点值”,可选“变化值”;同时可以指定结局的观察时间,如第6周或6-12个月。
以上检索项均支持以空格隔开的最多2个逻辑“与(AND)”关键词,如“慢性 胃炎”指同时包含该两个关键词,可以检出“慢性浅表性胃炎”、“慢性萎缩性胃炎”等结果。

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文字表格结果

检索结果以“疾病-结局-干预对照”模式组织呈现,在结果显示区域左侧,主要以文字和表格方式展示。
1、结果摘要
在结果展示区的上端,显示临床问题检索关键词和网络关系图按钮,并以文字形式描述结果总体情况,如:共匹配到x个中西医疾病;纳入x项临床试验,总样本量x例;涉及x种干预措施,x个结局指标。
2、中西医病名
该区域列出全部符合条件的病名,每个病名结果独立构成一个可伸缩的结果框。疾病框以疾病名为标题,病名前加“[中]”为中医病名,加“[西]”为西医病名,标题栏右侧有菜单按钮“…”,点击可激活该疾病相关的功能菜单项。点击标题栏将切换疾病框的伸缩状态,并显示该疾病的证据映射图(evidence map)。疾病框内上部是该疾病的结果摘要,如:共纳入x项临床试验(N=x),x种干预-对照措施,x个结局指标。
3、结局指标
每个疾病包含一个或多个结局指标,结局是meta分析主体,可以包含一个或多个“干预-对照”亚组。
结局标题栏左侧为结局指标名和包含RCT数,右侧有菜单按钮“”,点击可激活该结局相关的功能菜单项:亚组森林图、漏斗图和meta分析参数设置。点击结局标题栏将显示该结局的meta分析森林图(不分亚组),更多分析结果可在功能菜单中实现。
每个结局按干预对照分成不同亚组,以“干预vs对照”证据块显示,证据块背景红色代表证据质量低,绿色代表证据质量高;证据块内文字表示效应对比组及其优劣,绿色圆底的“优”表示干预组优于对照组,红色圆底“劣”表示干预组劣于对照组;黄底“无”表示两组间无统计学差异。将鼠标指针放在证据块上,会提示纳入RCT数和证据质量。
4、meta分析参数设置
默认情况下,平台会根据数据类型和数据特征自动选择最优的meta分析参数、模型和算法,用户也可以手动设置。方法是通过点击结局标题栏右侧的功能菜单项,选择参数设置,即进入meta分析参数设置界面。
在该界面,可对meta分析的效应模型、效应量、算法进行设置。各结局参数的优先级为:单独设置的参数>人工设置的全局默认参数>自动设置参数。

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图形结果

除以文字表格形式呈现检索和分析结果外,平台还提供动态交互图形结果,包括PICO关系网络图、证据映射图和森林图、漏斗图。
1、PICO关系网络图
PICO关系网络图用于表现检索结果的PICOS整体关系,有层次网图、分枝网图和环形网图三种形式。点击网图中的RCT节点,可以跳转到RCT列表中的相应RCT,以查看相关信息。
2、证据映射图(evidence map)
又称证据图谱,反映单一疾病各结局证据的效应和质量。点击疾病框的标题栏,可显示该疾病的证据图谱。图中背景底色代表证据质量,由红到绿为证据质量由低到高。每个圆形气泡表示一个结局的证据,气泡大小表示纳入RCT数量,对应X轴位置分布代表效应为优、劣或无差异等。将鼠标指针放在气泡上,可显示该证据的详细内容。
3、森林图和漏斗图
森林图为meta分析常用的图形之一,本平台除了实现其经典功能外,还可进行图形交互。如点击左侧RCT名,可以跳转查看RCT信息;将鼠标指向效应线,可以显示该效应的详细信息;点击右侧RoB图,可以显示详细偏倚风险信息。点击结局标题栏可以显示无亚组的森林图,通过结局菜单可以显示亚组森林图。同样,通过结局菜单还可以显示漏斗图。

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RCT列表筛选

在图形结果下部,显示纳入的RCT列表,包括实验名称、标题、病例数、证据质量、干预措施、对照措施、结局指标等,并可查看具体信息和全文。
RCT列表还具有筛选功能,即用户可以在此列表中进一步排除不符合纳入标准的试验,通过点击“执行筛选”按钮对结果重新分析。
点击每个RCT右侧的查看图标,可以查看该RCT详细信息。RCT详细信息窗口提供了该RCT的一般信息、证据来源、临床信息、试验设计、分组干预和结局指标等具体数据,并在证据来源中列出全文(PDF文件)链接以供浏览或下载。

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